Если вам нужно, чтобы приложением управляла именно панель (для мониторинга и автоперезапуска средствами ispmanager), рекомендуется придерживаться стандартной настройки через «Файл запуска». Если же вам критически важна сложная логика из ecosystem.config.js (например, деплой, специфические переменные окружения или режим кластеризации), то управление через консоль будет более гибким решением.