или вот пример, схватили вы вирус сегодня . Откатываетесь назад, файлы восстановлены, но вирус как был так у вас и останется.  Но я уверен вы же ожидаете, что после отката назад вируса не будет. Правильно? А он как раз то и останется. ))))

Не пробовали просто удалять все файлы сайта перед восстановлением из бекапа?
Операция удаления займет от нескольких секунд до пары минут (в зависимости от объема вашего сайта).

Да, пробовал., но разве речь об этом? А что две строчки кода написать, которые меняют директорию и создают новую это сложно?
Вы уверены, что все те кто нажал кнопу "Восстановить" понимают, что восстановятся только те файлы которые есть в бекапе, а те которые установлены позже там и останутся без связи например с базой данный.
Не проще ли сделать галочку при восстановлении и дать выбор заливать в новую директорию или лить все в старую. Я вот например, как новый пользователь нажал Восстановить и думал что я восстанавливаю на момент сохранения бекапа, а потом выяснилось что все что я там залил после тоже осталось. Привело это к печальным последствиям.

Я ни в чем не уверен в отношении того что касается вас, вашей компетенции и ваших действий.
Я всего лишь написал вам как можно очень просто и быстро, без интеллектуальных и физических усилий, решить вашу проблему.
Извините если этим я вас огорчил.

Я без притензий от слова вообще ! За совет спасибо! Так действительно можно и даже нужно делать! По моему тут даже без вариантов. Я просто столкнулся и посчитал важным, что эта логика должна быть чуток изменена до современного уровня.

Как по мне, тут есть зерно логики. Что, действительно нажав восстановить директорию, ты хочешь именно полностью восстановить её.

Галочка «Удалить перед восстановлением», была бы кстати или просто диалоговое окно перед восстановлением директории.