Предлагаю добавить в настройки nginx (возможно и Apache) возможность отключения TLS 1.3.

Сейчас, если править конфиг вручную, то при манипуляциях с сервером конфиг перезаписывается и TLS 1.3 опять включается.

Зачем его вообще отключать? У ряда провайдеров ТСПУ срабатывает на TLS 1.3 и доступ к сайту блокируется (особенно если он на хостингах Beget, TimeWeb, Selectel, SpaceWeb). У себя постоянно такое наблюдаю - как только включишь TLS 1.3, как постепенно сайт начинает быть недоступен у разных провайдеров.