Как перейти с ispmanager 5 на ispmanager 6?

Убедитесь, что ваша ОС поддерживает ispmanager 6. Подробнее в документации.

Если ОС поддерживается, вы можете обновить ispmanager 5 до ispmanager 6. Перейдите в раздел Настройки → Настройки системы в ispmanager и проверьте, включено ли автообновление:

• Если автообновление выключено, вручную обновите панель до последний версии. Если версия ispmanager ниже, чем 5.295, обновление нужно выполнить дважды: сначала до последней версии ispmanager 5, а затем до ispmanager 6.
• Если автообновление включено, сервер обновит лицензию автоматически в течение суток.

Обновить панель вы можете по инструкции в документации.

Если ОС не поддерживается, необходимо будет выполнить миграцию панели ISPmanager на новый сервер с актуальной ОС. Для этого потребуется:

1. Установить панель на новый сервер.
2. Активировать триальную лицензию.
3. Импортировать данные пользователей со старого сервера на новый.
4. Привязать лицензию на панель управления к новому серверу. 

Подробная инструкция о миграции в документации.