Нативная версия PHP — версия из официального репозитория ОС. Она устанавливается автоматически вместе с ispmanager. Дополнительно можно установить альтернативные версии из репозитория CloudLinux. Для этого перейдите в Настройки web-сервера → Установка PHP и нажмите Установить. Версии PHP устанавливаются в /opt/alt.
В Настройки web-сервера → PHP отображаются версии, которые доступны для каждого из режимов работы PHP. Подробнее см. в статье Режимы работы PHP в CloudLinux.